中心实行主任负责制，中心主任由学校任命。为确保中心建设项目的实施，由中心申请和筹备，经学校批准建立了学术委员会和建设委员会。实验室建设，实验教学体系改革进行论证、创新实验教学项目的规划、立项评审和验收等管理工作分别由建设委员会和学术委员会承担。中心下属的每个实验室负责人由责任心和实验动手力强的副教授、高级工程师或博士担任，负责各实验室的建设和管理，经过多年的建设与完善，已经步入正常化轨道。
中心实行校、院两级管理制度，实验室及设备管理处代表学校负责协调中心的建设工作，建设经费由学校、学院共同承担，以学校投入为主，运行经费由学校根据实验教学任务划拨。
中心负责制定统一的实验教学计划，按照教学计划规定的时间和内容要求，开设实验课程，指导学生进行实验，各下属实验室则按计划提供设备和实验条件保障实验教学的需要。
中心各实验室全天开放，采用预约实验和开放实验的方式，每天上午、下午和晚上三个单元学生均可进行实验，参加专业创新实践的学生中心负责安排专门教师指导，确保学生能够及时得到教师的帮助。